Yetmiş yaşlarındaydı. Çok ağır hasta, yorgun ve bitkin bir haldeydi.
"Din propagandası yapmak ve gizli cemiyet kurmak" diye başlayan ve idam istemiyle biten bir suçlamayla mahkemeye verilmiş ve 54 talebesiyle birlikte Afyon Cezaevine konmuştu.
Kışın dondurucu soğuğunda, camı kırık, 60 kişilik bir koğuşa, tek başına yerleştirilmiş ve diğer insanlarla görüşmesi yasaklanmış, yalnız başına adeta ölüme terkedilmişti.
Hizmetine koşmak isteyen talebeleri, falakalara yatırılıyor, ayakları parçalanıncaya kadar dövülüyordu.
Dayanılması zor günlerdi.
Yaklaşık iki yıl devam eden bu hapis hayatında, bir Cumhuriyet Bayramında koğuşunun kapısına bir Türk bayrağı asıldı.
Planlara göre Bediüzzaman bu bayrağa razı olmayacak, reddedecek ve bir olay çıkacaktı. Böylece bayrağa ve Cumhuriyete karşı bir suç işlenmiş olacağından kendilerini haklı çıkaracak bir sebep meydana gelecekti.
Bir provokasyon olduğu açıkça belliydi.
Bediüzzaman, bayrağı görünce umulanın tam aksine son derece sevindi.
Hayali geçmişe gitti.
Birinci Dünya Savaşında Ruslara karşı amansız bir mücadele vermiş ve Doğunun işgalden kurtulmasına vesile olmuştu. Binlerce masumun canını ve malını kurtarmıştı.
Yine İstanbul'un işgali sırasında İngiliz ve Yunanlara karşı verdiği mücadele aklına geldi. Hamiyet duyguları canlandı.
Tebrik ve teşekkür maksadıyla hapishane müdürüne bir yazı yazdı.
Yazı şöyleydi:
"Müdür Bey, size teşekkür ederim ki, Kurtuluş Bayramının bayrağını koğuşuma taktırdınız. Milli hareket günlerinde İstanbul'da, İngiliz ve Yunan aleyhinde yazdığım eserlerle belki bir tümen asker kadar vatana hizmet ettiğimi Ankara bilmiş ve Mustafa Kemal beni ödüllendirmek için iki defa Ankara'ya davet etmişti. Hatta demişti ki: "Bu kahraman Hoca bize lazımdır."
"Demek benim bu bayramda, bu bayrağı takmak hakkımdır."